Il a commencé à défendre les droits humains lorsque, étudiant en droit, il a fait campagne pour Salvador Allende au Chili. Après l’élection de Salvador Allende à la présidence en 1970, José Zalaquett a assumé les fonctions de ministre, avant de partir occuper un poste à l’université. En 1973, le général Augusto Pinochet a lancé un vaste coup d’État militaire qui a chassé le gouvernement élu de Salvador Allende et a instauré une dictature militaire de 1973 à 1990. Au cours de cette période, des milliers de personnes ont été arrêtées, emprisonnées, torturées et tuées.